Важнейшее направление деятельности фонда – проведение долгосрочных стипендиальных и грантовых программ, адресованных талантливым студентам и перспективным преподавателям ведущих государственных вузов России.
Проекты в сфере культуры направлены в первую очередь на создание условий для реализации потенциала сотрудников российских музеев и развитие их проектной активности, а также на изучение и открытие широкой публике неизвестных и малоизвестных коллекций.
Сотрудники фонда активно участвуют в формировании профессионального благотворительного сообщества в России. Обмен информацией и современными методиками, выработка стандартов в сфере филантропии – вот те проблемы, которые постоянно находятся в центре внимания.
Генеральный директор фонда Лариса Зелькова в настоящее время является членом Общественной палаты Российской Федерации и руководителем рабочей группы по развитию благотворительности.
Главные направления работы этой группы – продвижение инициатив в области совершенствования законодательства, регулирующего благотворительную и добровольческую деятельность, и создание в стране необходимых условий для развития филантропии.
Благотворительный фонд В. Потанина является членом Европейского центра фондов, учредителем и членом Российского форума доноров.
Бюджет Благотворительного фонда В. Потанина формируется из личных средств Владимира Потанина. Ежегодно на программы в сфере образования и культуры выделяется около 10 млн долларов.