В 2005 году, по инициативе фонда Круппа и фонда Цайт, двух крупнейших немецких спонсоров гуманитарных исследовательских программ, было принято решение открыть в Москве Германский исторический институт.
С 1 января 2009 г. по рекомендации научного совета Германский исторический институт в Москве был переведен на финансирование Фондом Немецких гуманитарных институтов за границей (DGIA), поддерживаемым Министерством образования и науки Германии.
К основным направлениям своей деятельности институт относит исследования в области истории Германии и России, углубление кооперации между российскими и немецкими учеными, координацию и осуществление совместных исследовательских и издательских проектов, поддержку молодых ученых.
Благодаря своей библиотеке, а также оснащенным доступом к интернету рабочим местам, другим техническим возможностям и большому числу организуемых мероприятий Институт планирует стать опорным пунктом для российских ученых, которые занимающихся немецкой историей, и их немецких коллег, работающих над проблемами российской истории.
В штате ГИИМ 15 немецких и российских сотрудников. Всемирную поддержку их деятельности оказывает Попечительский совет (председатель Совета – проф. д-р Хельмут Альтрихтер, зам. председателя Совета – академик РАН Александр О. Чубарьян).
Институт входит в структуру Фонда Немецких гуманитарных институтов за границей (DGIA), объединяющего под своей крышей Германские исторические институты в Лондоне, Париже, Риме, Варшаве и Вашингтоне, а также междисциплинарные исследовательские институты в Бейруте/Стамбуле и Токио.